La recherche doctorale peut être menée par le/la doctorant.e sous la direction d’un.e directeur.trice de recherche, ou de deux co-directeur.trice.s, suivant les nécessités scientifiques qu’exige le projet. La co-direction peut-être interne à l’établissement d’inscription, nationale ou internationale.

Une convention de codirection est signée par les deux établissements et les directeur.trice.s de recherche concerné.e.s. Le/la doctorant.e peut être rattaché.e à deux unités de recherche mais avec une seule inscription administrative
Une soutenance unique a lieu dans l’établissement d’inscription, et mène à la délivrance d’un seul diplôme de doctorat.

Dans le cas d’une codirection internationale, le/la doctorant.e effectue ses travaux de recherche sous la responsabilité de deux directeur.trices de thèse, l’un.e relevant de son établissement d’inscription et de son Ecole Doctorale de rattachement et l’autre relevant d’une université à l’étranger.
La codirection internationale peut se substituer au projet de cotutelle.

Article 16 de l’arrêté du 25 mai 2016 sur la formation doctorale :

« Le doctorant est placé sous le contrôle et la responsabilité d’un directeur de thèse. La direction scientifique du projet doctoral peut être éventuellement assurée conjointement avec un codirecteur. Lorsque la codirection est assurée par une personne du monde socio-économique qui n’appartient pas au monde universitaire, le nombre de codirecteurs peut être porté à deux.
Les fonctions de directeur ou de codirecteur de thèse peuvent être exercées :
1° Par les professeurs et personnels assimilés au sens de l’article 6 du décret n° 92-70 relatif au Conseil national des universités et de l’article 5 du décret n° 87-31 pour les disciplines de santé, ou par des enseignants de rang équivalent qui ne relèvent pas du ministère de l’enseignement supérieur, par les personnels des établissements d’enseignement supérieur, des organismes publics de recherche et des fondations de recherche, titulaires d’une habilitation à diriger des recherches ;
2° Par d’autres personnalités, titulaires d’un doctorat, choisies en raison de leur compétence scientifique par le chef d’établissement, sur proposition du directeur de l’école doctorale et après avis de la commission de la recherche du conseil académique ou de l’instance en tenant lieu dans l’établissement d’inscription.
La direction de la thèse peut également être assurée sous forme de codirection instaurée par convention entre un ou deux directeurs de thèse répondant aux conditions fixées ci-dessus et une personne du monde socio-économique reconnue pour ses compétences dans le domaine. La proposition de codirection est soumise à la décision du chef de l’établissement accrédité, sur proposition du directeur de l’école doctorale. Dans ce cas, les doctorants sont placés sous la responsabilité conjointe des codirecteurs de thèse. »